Các chiến binh tự do Neo, Trinity và Morpheus tiếp tục lãnh đạo cuộc nổi dậy chống lại Đội quân Máy móc. Trong nhiệm vụ giải cứu loài người khỏi sự tuyệt chủng, họ có được cái nhìn sâu sắc hơn về cấu trúc của Ma Trận và vai trò quan trọng của Neo đối với số phận của nhân loại.